De polderjongen gaat over een hechte vriendschap tussen Levie, een zoon van een welgestelde Joodse uitgever in Amsterdam, en Sietse, een Friese boerenzoon uit Joure. Als de Tweede Wereldoorlog uitbreekt, verandert het leven van de twee vrienden voorgoed. Samen met Sietse en Esther, een jonge Joodse violiste, vertrekt Levie midden in de nacht naar Lemmer. Muziekdocente mevrouw Van Dullemen en haar jongere collega Louisa, die beiden deel uitmaken van het kunstenaarsverzet, helpen Levie en Esther om ’s nachts de overtocht te maken met de Jan Nieveen, de veerdienst tussen Amsterdam en Lemmer. Van daaruit reizen de jongens door naar een werkkamp in de polder.
Het onderduikverhaal van Levie, Sietse en Esther wordt verteld door de herinneringen van verschillende personages. De hoofdpersoon in ‘De polderjongen’ is David, de zoon van Esther. Hij groeit op in Amerika. Na de dood van zijn moeder gaat hij op bezoek bij zijn nog enige levende familielid: zijn Joodse tante Sarah. Hij komt terecht in de Noordoostpolder van de vroege jaren zestig en daar ontvouwt zich het echte relaas over zijn ouders.